Đối với chiếc xe máy đã bị ngập nước nặng khá phức tạp. Trước hết, bạn phải tháo hết nhớt xe máy, đổ nhớt rửa máy chuyên dụng (có thể dùng dầu diezen) để xả sạch hết thứ nhớt có lẫn nước nước trong các-te. Sau đó cho máy chạy bằng một hộp dầu nhớt mới trong vòng vài tiếng đồng hồ và lại xả hết số dầu đó ra thay bằng hộp khác. Sau vài ngày cần phải phải kiểm tra xem xe đã hoạt động bình thường chưa. Nếu nhớt máy vẫn có màu khác thì phải thay tiếp một lần nhớt máy nữa.
Ngoài việc rửa máy, bạn cần kiểm tra lại những bộ phận dễ bị nước mưa làm gỉ sét như: xích, các trục nối và lò xo của hệ thống phanh, dây ga, dây công-tơ-mét, chân chống, chân phanh, cần khởi động ...Tùy theo đặc điểm của từng bộ phận mà bạn sẽ sử dụng mỡ hoặc dầu máy để bảo dưỡng.
Nên thường xuyên kiểm tra nắp đậy bugi và dây cao áp để hệ thống điện của xe luôn luôn ổn định cho dù đi dưới trời mưa to. Ngoài ra, cũng cần phải kiểm tra chế hòa khí, bộ lọc gió, ống xả,.. những bộ phận này đảm bảo cho động cơ xe của bạn luôn hoạt động tốt nhất.
Đồng thời nên kiểm tra hệ thống phanh, cần làm khô để ngăn tình trạng má phanh bị chai. Nước cũng có thể làm trôi đi lớp mỡ bôi trên, vì thế cần tra thêm mỡ bôi trơn vào các vị trí thích hợp để hạn chế tối đa hư hỏng.
Chi phí cho việc sửa chữa, khắc phục những chiếc xe máy bị ngập nước tùy thuộc vào tình trạng cũng như điều kiện tại mỗi nơi. Thông thường việc lau khô các bộ phận mà không cần thay thế sẽ lấy công 50-100 nghìn đồng với xe số và đắt hơn một chút đối với xe tay ga do việc tháo lắp rườm rà hơn.
Với các xe phải thay thế, chi phí chủ yếu rơi vào tiền mua linh kiện như bugi tầm dưới 100 nghìn đồng với xe phổ thông, lọc gió khoảng 100 nghìn đồng, thay nhớt và làm sạch… Tiền sửa chữa cho một chiếc xe máy ngập nặng, ngâm nước lâu có thể trên một triệu đồng.